Elk jaar wordt de programmering van Musica Sacra Maastricht opgebouwd vanuit de bepalende en richtinggevende rol van een centraal thema. Met onorthodoxe programmatische keuzes en originele invalshoeken laat het festival zien hoe verrassend universeel en actueel de gekozen thema’s zijn. Dat betekent onder andere dat vele programma’s speciaal voor Musica Sacra worden geproduceerd en dus tijdens het festival in première gaan.
Van oorsprong een muziekfestival, is deze discipline anno 2011 nog steeds de core-business. De muziekprogrammering bestrijkt de volledige breedte van genres, stijlen en tijdperken, aangevuld met unieke premières en festival- en compositieopdrachten, uitgevoerd door nationale en internationale topmusici en – ensembles en nieuw, jong talent. Naast deze muziekprogrammering wordt tevens een uitgebreid programma van theater, film, lezingen, exposities, dans en (voet)tochten/excursies aangeboden.
Musica Sacra Maastricht speelt zich (hoofdzakelijk) af op die plekken waar ‘het sacrale’ als vanouds wordt ervaren. In Maastricht zijn dit de plaatsen waar de pluriforme culturele invloeden het duidelijkst hun sporen hebben achtergelaten, namelijk in, voor, op en tussen de oude kerken en gebouwen van de historische binnenstad. De locatie van het Theater aan het Vrijthof - waar tijdens het festival een aantal omvangrijke producties plaatsvinden én een doorlopende programmering met tentoonstellingen en projecties wordt opgezet - fungeert als bindende factor, het fysieke festivalhart, waar mensen elkaar tijdens het festival kunnen ontmoeten en hun ervaringen kunnen uitwisselen.